Im Anschluss an das Finale der mehrteiligen Saga von Age of Discovery kehrt das kostenlose Star Trek-MMORPG zur originalen Zeitlinie zurück: In Awakening warpen sich die Spieler ins Jahr 2410 und müssen die von J"Ula und ihren Klingonen gestohlene Myzel-Technologie zurückholen, deren Diebstahl sie mit eigenen Augen in Age of Discovery sahen. Da sie befürchten, dass J"Ulas Taten ihren Heimatplaneten zerstören könnten, werden in Awakening auch die Elachi aktiv und versuchen ihren Planeten mit allen Mittel zu schützen. In dieser kritischen Lage erhalten Spieler Hilfe von Lieutenant Commander Paul Stamets, seines Zeichens Experte in der Astromykologie. Gesprochen wird er von Anthony Rapp aus Star Trek: Discovery. In Form eines Holograms steht Stamets den Spielern tatkräftig bei dem Versuch zur Seite, die Zerstörung des gesamten Myzel-Netzwerks zu verhindern, indem er ihnen hilft J"Ula aufzuspüren und die von ihr verursachten Risse im Raum-Zeit-Gefüge zu reparieren. Die Ereignisse spielen sich im Laufe einer neuen Episode ab, die zusammen mit Awakening diesen Herbst veröffentlicht wird.

„Letztes Jahr im Herbst fand ein historischer Moment für Star Trek Online statt, denn während wir das riesige Universum von Star Trek: Discovery entdeckten, entwickelten wir zum ersten Mal zeitgleich mit einer aktuell produzierten Star Trek-Serie Spielinhalte“, sagte Executive Producer Andre Emerson. „Der Rhythmus der Serie half uns auch dabei, mit der Zeit eine Erweiterung zu entwickeln, die spannende neue Missionen, dutzende unerforschte Raumschiffe und unzählige Stunden an Spielinhalten mit den Originalschauspielern von Discovery enthält. Jetzt ist für unsere Captains die Zeit gekommen, ins 25. Jahrhundert zurückzukehren, und wir können es kaum noch abwarten, ihnen das neueste Kapitel zu präsentieren.“

Durch die in diesem Update enthaltene Reihe neuer Patrouillen, bei denen die Spieler gemeinsam mit Stamets und anderen bekannten Gesichtern wie Captain Kuumaarke aus Star Trek Online zusammenarbeiten, kommt ein überarbeitetes Patrouillensystem ins Spiel. Dies ist einfacher zugänglich und bietet neue Belohnungen. Zudem können Spieler an einem neuen Einsatzkommando für fünf Personen und einem besonderen Myzel-Ereignis teilnehmen. Durch ihre Teilnahme an Patrouillen, am Einsatzkommando und an den neuen Missionen können sie sich ein neues K6-Elachi-Schiff freischalten.