Clans spielen in Black Prophecy eine zentrale Rolle. Clan-Leader können Mitgliedern Ränge und somit Befugnisse zuweisen. Hohen Wiedererkennungswert garantiert der Logo-Editor, in dem man mittels vorgegebener Grafiken und Farbschemata ein Clan-Symbol nach eigenen Wünschen entwerfen kann.

Der Fraktionsrang
Aus der Anzahl der absolvierten Clan-Missionen in Kombination mit anderen Parametern wird der so genannte Fraktionsrang errechnet. Hat der Clan einen bestimmten Rang erreicht und erfüllt dazu weitere Anforderungen (Ressourcen, Mitgliederanzahl etc.), kann ein eigener Sektor für den Bau einer Clan-Station angefordert werden.

Clan-Stationen
Durch zahlreiche Modifikationen werden die Stationen zu einem riesigen Komplex. So können bis zu 16 Module wie Hangar, Handelsposten oder Mannschaftsunterkünfte installiert werden. Abhängig von der Art der hinzugefügten Module ändert sich Aussehen und Struktur der Clan-Station.
Die Entscheidung, ob andere Spieler derselben Fraktion die öffentlichen Einrichtungen des Hauptquartiers nutzen dürfen, liegt in der Hand des jeweiligen Clans. Nur für andere Piloten freigegebene Stationen werden auch auf der Sternenkarte verzeichnet.

Ausbau der Clan-Station
Kern der Weltraumstation ist das Kommandomodul. Im Grundzustand gibt es Unterkünfte für zehn Clan-Mitglieder, eine grundlegende Energieversorgung, kleinere Lagerräume sowie einen Händler für Stationsmodule. Zusätzliche Funktionen erhält die Clan-Station durch neue Module. Um die Station auszubauen, muss der Clan über genug Ressourcen und Upgrade-Module verfügen, die in speziellen Clan-Aufträgen erbeutet werden.
Mit zunehmendem Level steigt auch der Energieverbrauch der Einrichtung. Diesen Aspekt sollten die Spieler beachten, da Aufwertungen der Module nur bei ausreichender Energieversorgung möglich sind. Abhilfe bei Energieknappheit schaffen Solarzellenmodule.

Die Module und ihre Funktionen
Depots bieten Platz für Ressourcen und Gegenstände der Clan-Mitglieder. Pro Ausbaustufe erhöht sich die Lagerkapazität – dies ermöglicht es den Clans, ihr Depot den Bedürfnissen flexibel anzupassen. Mit der Eröffnung eines Handelspostens können Clan-Mitglieder und Besucher auf das gesamte Sortiment der fraktionsweiten Handelskette zugreifen.

In der Werkstatt (Workshop) können Clans Gegenstände herstellen, modifizieren und verbessern. Die Ausbaustufe bestimmt das Maximallevel der Modifikationen, die an Waffen oder Schiffsbauteile angebracht werden können. Im eigenen Hangar bauen die Spieler ihre Schiffe mit den frisch hergestellten Teilen um.

Zugang zu speziellen Clan-Missionen erlangen Clans durch den Bau einer Faction Agency. Durch weitere Ausbaustufen erhöht sich das Level der Clan-Missionen.